Vanaf de tiende eeuw ontstond er een nederzetting bij de burcht van Middelburg. Kort daarna is de eerste kerk gebouwd, de Westmonsterkerk, die schuin tegenover het huidige stadhuis was gelegen op de Markt. Vanuit dit bedehuis ontstonden de meeste parochiekerken op Walcheren. De kerken in het noordoosten van Walcheren, Zuid-Beveland en het voormalig eiland van Wolphaartsdijk ontstonden vanuit de Noordmonsterkerk, die was gelegen bij het huidige Hofplein. Dit worden dan dochterkerken genoemd, de parochie waaruit ze ontstonden waren de moederkerken.
Tijdens de Tachtigjarige Oorlog kozen Veere en Vlissingen de kant van de Opstandelingen. Middelburg bleef echter trouw aan de Spaanse zaak. Dat kwam de stad in 1572 op een belegering te staan.
De lotgevallen van de stad zijn uitmuntend beschreven door archivaris Peter Sijnke in zijn boek Geschiedenis van Middelburg, geestelijken, regenten en kooplieden, 1000 jaar. Zoals de titel aangeeft is de historie van de stad een samenspel van machten en belangen. De geestelijkheid beheerste, zeker vanuit de abdij, het openbare leven in Middelburg, Walcheren en grote delen van overig Zeeland ten noorden van de Honte of Westerschelde. Daar kwam een eind aan toen de stad na het beleg van 1572-1574 in handen viel van de opstandelingen. Vervolgens werd de openbare beleving van de rooms-katholieke godsdienst verboden. De overgrote meerderheid van de bevolking trad na de val van Middelburg toe tot de nieuwe leer. Veel katholieken namen de wijk, een deel bleef ondergronds de moederkerk trouw.
Vanaf 1574 kwamen er dominees in de stad. Hoewel kerk en staat vanaf die tijd minder sterk verweven waren met elkaar, deden ook de gereformeerde geestelijken er alles aan om hun stempel te kunnen drukken op het openbare leven.
Abdijcomplex. Tot aan het beleg van Middelburg (1572-1573) vormde dit complex het centrum van de geestelijke macht in Zeeland boven de Westerschelde
De eerste Gereformeerde predikant van Middelburg werd Gheleyn d’Hoorne. Hij voorzag in dit prille stadium van het opkomende protestantisme nog in zijn bestaan door het schoenmakersvak te beoefenen. De ‘gereformeerde’ religie kwam in Middelburg en elders in de provincie als snel onder invloed van de Nadere Reformatie. Vertegenwoordigers van de stroming waren onder anderen Willem en Maximiliaan Teellinck en Herman Faukelius. Mede door hun invloed kwam er een strenge zondagsheiliging.
Groot was ook de invloed van het piëtisme. Een belangrijk vertegenwoordiger daarvan was Bernhardus Smytegelt (1665-1739) , die van 1695 tot 1735 was verbonden aan Middelburg. Hij was befaamd om zijn redenaarstalent, niet in het minst door zijn 145 preken over het thema ‘Het gekrookte riet’. Daarin gaf hij ongeveer driehonderd kenmerken aan waaraan gemeenteleden konden aflezen of ze echt geloofden of niet. Een andere vooraanstaande dominee was Petrus Immens (Oirschot 1664, overleden Middelburg 1720). Hij geniet nog altijd bekendheid door zijn boek De Godvruchtige Avondmaalsganger. Immens stond vanaf 1715 in Middelburg.
Dat Middelburg een prominente plaats innam in het protestantisme blijkt uit het feit dat de Nationale Synode van 1581 in deze stad werd gehouden. De Nadere Reformatie en het piëtisme drukten tot in de 21e eeuw nog een stempel op de stad, in die zin dat ongeveer tien procent werd gerekend tot de kerkelijke stromingen die dit gedachtegoed zijn toegedaan. Deze worden vaak aangeduid met het verzamelbegrip ‘bevindelijkheid’. Het woord geeft aan dat je het geloof moet ervaren.
Middelburg is ook in ander opzicht qua religiositeit bijzonder veelkleurig. Dat bewijst ook het bestaan van de vrijzinnige Koorkerkgemeente. Die wordt bediend door de vrijzinnige predikant ds. Klaas Hendrikse, auteur van het boek ‘Geloven in een God die niet bestaat’ en andere publicaties die veel stof deden opwaaien.
Het zonlicht speelt door de hoge ramen van de Koorkerk, een van de twee kerken van het voormalige abdijcomplex
Middelburg was sinds de Reformatie een echte domineesstad. In de periode 1774-1797 was er sprake van dertien predikantsplaatsen in de Gereformeerde Kerk, zoals de protestantse kerk na de Reformatie heette. Dat recordaantal maskeerde het al ingezette economische verval, dat zich in de negentiende eeuw nog sterker zou voortzetten. In de tweede helft van de zeventiende eeuw was Middelburg volgens onderzoek van archivaris Peter Sijnke met 30.000 inwoners qua bevolking de vijfde stad van Nederland. In de 18e eeuw trad een gestage neergang in, die zich doorzette tot het eerste kwart van de negentiende eeuw. Rond 1820 kwam het dieptepunt toen er minder dan 13.000 mensen in de stad woonden. Het aantal predikantsplaatsen liep hard terug. In 1805 werd het op tien gesteld, in 1807 op negen, in 1809 op acht en in 1814 op zeven! Een halvering dus.
Een vergelijking. De stad Middelburg telde begin 2012 circa 39.000 inwoners. In dat jaar telden de plaatselijke PKN-gemeenten negen predikantsplaatsen. De kerken die daarvan zijn afgescheiden sinds de jaren dertig van de negentiende eeuw telden toen 4 predikantspplaatsen (2 Gereformeerde Gemeenten, 1 Christelijk Gereformeeerd en 1 Gereformeerd Vrijgemaakt).
Daar moeten dan de overige kerkgenootschappen nog worden opgeteld: 1 pastoor (Petrus – en Pauluskerk), 1 predikant doopsgezinde gemeente, 1 predikant baptistengemeente en vier voorgangers in Evangeliegemeenten.
Vooral in steden werden in de twintigste eeuw in ons land kerken gesloten door de secularisatie. Veel van die bedehuizen werden getroffen door de slopershamer. In Middelburg bleven ze echter allemaal staan. Sterker nog, het aantal kerkgebouwen groeide in de twintigste eeuw. Weliswaar zijn er afgebroken, maar dan kwamen er een nieuwe, meestal grotere, voor in de plaats. In 2011 kwamen de eerste tekenen van de omslag. De centrale kerkenraad van de PKN-gemeenten sloeg toen alarm. Door teruglopende inkomsten zou het op termijn onmogelijk worden de negen kerkgebouwen in Middelburg (centrum en buitenwijken) te blijven beheren.